포토샵이나 페인트샵으로 만드는 분들도 있던데 구입비용없이 쓸수 있는 프로그램이 있습니다.
많이들 아시는 프로그램인데 김프라고, 리눅스에 기본으로 설치되고  포토샵처럼 사진편집이나 그래픽제작시에 쓰는 프로그램인데 윈도우에도 설치할수도 있습니다.
아이콘제작할때는 다 만들고 나서 저장할때 확장자만 ico로 바꿔서 저장합니다.(제가 이렇게 해서 아이콘 만들어 씁니다.)  
http://www.gimp.org/