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커널 컴파일만 하시면 모든 일이 끝난건데 아직 못하셨을 거라 생각이됩니다.
커널을 직접 컴파일해서 올리시려면 일단 gcc를 비롯한 컴파일 모듈들을 먼저 업데이트 하셔야 합니다. 특히 up2date의 지원이 종료된(..아직 아닌가요?) 레드햇 계열의 경우에는 필요한 컴파일 툴(gcc, gnumake, binutil등등등)을 직접 설치해주셔야 합니다.
그 다음에 커널을 컴파일하시고. (옵션 선택하시는것도 참 중요합니다.) lilo나 grub과 같은 부트로더를 손수 수정해주시는 과정을 거치셔야 하는데요.
개인적으론 레드햇에 yum을 깔아서 업데이트 하거나, CentOS와 같은 배포판으로 넘어가는걸 추천해드리고 싶습니다. 거기선 커널업데이트도 바로 되거든요..
직접 커널을 올리는 방법은 이 글에
http://kerneltrap.org/node/799
yum을 설치해서 Fedora Core로 올라가시는 방법은 이글에
http://wiki.kldp.org/wiki.php/UpgradingUsingYum
비교적 잘 설명이 되어 있는 듯 합니다